Деякі мікроорганізми викликають псування сільськогосподарської продукції, збіднюють грунт азотом, викликають забруднення водойм, накопичення в продуктах харчування отруйних речовин (наприклад, мікробних токсинів). мікроорганізми відрізняються гарною пристосованістю до дії факторів зовнішнього середовища.